64bit OSにおいて、32bitビルドしたアプリケーションはWOW64を通して実行されます。
普通にプログラムを組んでる分にはさほど意識する必要はありませんが、レジストリを扱う場合少々面倒なことになります。
32bitアプリケーションを32bit OSで実行し、レジストリにアクセスした際はどこにアクセスしようが特に気にする必要はありませんが、64bit OSにおいては一部だけWow6432Nodeの場所を指定していまいます。
64bitでビルドすればこの問題は回避できるのですが、そうもいきません。
